Прошло четыре года пребывания Иоанна в его горном монастыре в непрерывных занятиях науками и теологическими размышлениями. Он жил вдали от шумного света, а в этом свете происходили тем временем очень важные события и перемены. В первый же год его пребывания в монастыре умер император Валент (364–378 гг.), и с его смертью сильно пошатнулось при дворе влияние ариан. Чем они заслужили немилость нового императора, Феодосия, неизвестно, но он явно начал покровительствовать их врагам, николаитам. На третий год своего царствования он созвал, наконец, так называемый второй, т. е. Константинопольский, собор (381 г.) против тогдашнего константинопольского епископа Македония. Этот верховный прелат, соответственно его арианскому исповеданию, признавал Иисуса лишь подобосущным богу, а святого духа (т. е. святое вдохновение, дающее людям ясновидение и творческие способности мысли) – простым орудием Иисуса, как среднего существа между богом и человеком.

Собор (состоявший, как предполагают, только из представителей восточной церкви, без участия западных, подвластных Риму) проклял эти арианские воззрения, а вместе с ними осудил также и группу апомеев, последователей Асция и Евномия, утверждавших, что Иисус не подобен богу‑отцу. На этом же соборе был, как утверждают, окончательно формулирован и обычный символ веры, как обязательный для всякого правоверного христианина, и установлено ещё несколько правил, счёт которых различен у различных древних авторов.

Иоанн, заметим мимоходом, не был приглашён или не поехал сам на это собрание, несмотря на то, что был уже известным христианским писателем и красноречивым проповедником, и несмотря на то, что на соборе могли присутствовать не только самые незначительные пресвитеры, но и диаконы. Как же он отнёсся к переменам в основных догматах христианской религии, провозглашённым на этом соборе?

Пересматривая сохранившиеся источники и документы, мы находим, что около этого самого времени или лишь немного после него он тайно убежал из своего монастыря… Действительно, считая наиболее вероятной датой его рождения 354 год, как это показано в „Минеях», и приняв во внимание, что 18‑ти лет он уехал в Афины оканчивать своё образование, где пробыл около 4 лет, а затем приблизительно через год умерла его мать, мы прямо подходим к 377 году как времени, когда он принял христианство и удалился от света в монастырь. Приложив же к этой дате те четыре года, которые Иоанн, по словам историков, провёл в монастырь, мы и получаем для времени его бегства знаменательный 381 год, когда Константинопольский собор провозгласил господствующей религией «николаитскую» и предал анафеме «арианство».

В этом же году, как говорят, противник государственной церкви антиохийский епископ Мелетий назначил Иоанна своим диаконом.

Его византийские биографы, конечно, не делают этих неподходящих для них хронологических сопоставлений. «Пробыв в монастыре том четыре года, – говорят они, – и восхотев безмолвного жития, Иоанн ушёл оттуда тайно   в пустыню и, найдя некую пещеру  , поселился в ней и пробыл в ней два года, живя один в помышлениях о боге».