Однако простой здравый смысл говорит, что для внезапного бегства Иоанна из его монастыря тотчас после Вселенского собора, на который его не пригласили, имелись с его стороны веские причины. Наше сопоставление времён и событий ясно показывает, что бегство Иоанна было в связи с переменами, происшедшими в христианской церкви и даже в самой религии со времени воцарения Феодосия. Перед этим событием, при господстве ариан, обитатели Иоаннова монастыря принадлежали, по всей вероятности, к числу гонимых, какими в то время были все не‑ариане, а после воцарения Феодосия, когда всё перевернулось на обратную сторону, они легко могли признать себя солидарными со стоящими теперь у власти «николаитами», т. е. той фракцией новой государственной церкви, во главе которой стоял в это время, как увидим далее, злейший враг Иоанна – Теофил Александрийский.

В результате гонимые товарищи Иоанна вдруг (с 381 г.) сами превратились в гонителей и анафематизаторов. До воцарения Феодосия и Константинопольского собора они сами попрекали ариан за союз со светской властью против остальных христианских фракций, и выражали, вероятно, этот попрёк, как всегда в подобных случаях, в принципиальных формах, называя арианскую фракцию «великой вавилонской твердыней», а теперь они сами заняли её место.

Лица с неразвитым нравственным чувством сейчас же находят себе в подобных случаях оправдательные мотивы и мгновенно забывают всё, что сами же говорили раньше. Но Иоанн, как всё показывает, не принадлежал к их числу. У него была одна и та же мораль, как для других, так и для себя, а потому, при этой неожиданной перемене, ему, конечно, не оставалось ничего другого, как, истощив все доводы, убеждения и напоминания о прошлых нападениях на всякий союз со светской властью, уйти от своих бывших товарищей, не простившись с ними ни одним словом.

Предание о его двухлетнем пребывании в пустыне, в неведомой до сих пор никому пещере, можно думать, такая же легенда, как и сотни остальных, которыми переполнена его жизнь. Если бы такая пещера существовала, то она давно была бы местом пилигримства верующих. Притом же Иоанн, горячий и красноречивый проповедник, не был из таких, которые бежали от людей.

Да и времени для этого анахоретства мы не находим в хронологии его жизни. Сопоставляя все известные нам факты, мы приходим к заключению, что убежал он из монастыря прямо в Антиохию, к оригенитскому епископу Мелетию, который и назначил его своим диаконом в том же 381 году, т. е. вскоре после 1‑го Константинопольского собора.

В Антиохии, которая по важности и величине была тогда третьим городом Византийской империи, в это время господствовал сильный раскол между христианами. Одна их партия принадлежала к господствовавшей теперь в Византийской империи фракции николаитов и находилась в общении с её номинальным главой – папой. Она имела своим, т. е. единственно ортодоксальным, епископом в Антиохии сначала Павлина, а потом Евагрия. В момент возвращения Иоанна в храме Павлина проповедывал известный ненавистник оригенитов и личный враг самого Иоанна – Иероним Блаженный, назначенный пресвитером Павлина ещё в 379 году.