Всё это похоже на роман, а между тем действительность. Были посланы грамоты и римскому папе Иннокентию, чтоб он прислал на этот собор представителей западной церкви. Но папа, по‑видимому, не пожелал вмешиваться в дело, и его представители не приехали под тем пустым предлогом, что ожидали «ещё второго приглашения».

В результате собор этот и состоялся в феврале 403 г. из представителей одной николаитской фракции византийского духовенства. Ни восточная, ни римская церковь в настоящее время не считают его своим собором, а называют «разбойничьим», аналогично тому «разбойническому собору» (Synodus latronus), который через 45 лет происходил в Эфесе (в 449 году) под председательством Диоскора Александрийского и постановил, будто человеческое естество Иисуса было вполне поглощено божеским.

Особенно усердствовал против Иоанна и оригенитов св.Епифаний кипрский. Ещё во время подготовки собора он так задирательно держал себя по отношению к пророку, что все ортодоксальные биографы Иоанна принуждены заменять факты фразами. «Оклеветал Теофил (говорит автор „Миней“) Иоанна, говоря, что он еретик: оригенитов к себе принял и причащается с ними. Епифаний же незлобив был. Не познав хитрости Теофиловой, принял веру лжи, по писанному: „незлобивый придаёт веру всякому слову“. Ревнуя же сильно по благочестии, он проклял (ещё до приезда своего в Константинополь) местным собором своих кипрских епископов оригеновы книги и написал Иоанну, чтобы сотворил то же самое. Но Иоанн, не торопясь к этому, упражнялся в божественном писании».

Говоря прямым языком, Иоанн отказался наотрез анафематизировать оригеновы книги, которые, вероятно, и заключали те астрологические способы, которыми он руководствовался при составлении «Откровения». Такое упорство пророка, после явной неудачи его пророчества, до того рассердило престарелого св.Епифания, привыкшего за сто с лишком лет своей жизни к уважению, что он примчался в Константинополь ещё за несколько недель до установленного срока. В знак того, что он не признаёт Иоанна за епископа, он высадился в 7 километрах от Константинополя и, войдя самовольно в местную церковь, находящуюся в ведении Иоанна, начал действовать в ней, как в своей собственной.

Он отслужил там самовольно литургию и посвятил одного человека в дьяконы, в противность церковным постановлениям, запрещающим епископу посвящать кого‑либо в чужой епископии. Затем, войдя в Константинополь и поселившись в частном доме, он отказался даже видеться с Иоанном, ответив его посланным: „Пока Иоанн не выгонит вон из города Диоскора и его схимников и не подпишет отказа от оригеновых книг, я не имею общения с Иоанном».

Императорская чета уже сильно была восстановлена на Иоанна с самой его поездки по Малой Азии, и теперь, освободившись от страха, настолько же желала его удаления из Константинополя, как прежде его водворения в нём. Поэтому Епифаний тотчас же поспешил во дворец, где принят был как избавитель, со всевозможными знаками внимания, и не раз имел секретные совещания относительно способов низвержения Иоанна. Он до того увлёкся, что хотел даже всенародно обличать Иоанна в одном из главных городских храмов, в соборе Апостолов, и проклясть, как еретика, но благоразумные люди удержали его, указав, что из этого, при необыкновенной популярности Иоанна в народе, ничего не выйдет, кроме избиения самого Епифания.