Соглашение оказалось невозможным. Три иоаннитских епископа, явившиеся в Халкедонское предместье в качестве парламентёров от Иоанна, были схвачены их противниками и избиты.

На двенадцатом совещании николаитского собора, где присутствовали 45 членов, Иоанна, по Фотию и другим византийским клерикалам, обвинили:

1) В том, что он проповедывал, будто «церковный алтарь полон мерзостей», – очевидное указание на то место главы 17 Апокалипсиса, где Иоанн говорит: «в руке её (т. е. великой твердыни Врата господни) была золотая чаша, наполненная мерзостью и нечистотой её бесстыдства  ».

2) В том, что называл императрицу Евдоксию Иезабелью, очевидно перетолковывая в этом смысл то место главы 11 Апокалипсиса, где Иоанн говорит оглашателю фиатирского собрания верующих: «Имею против тебя немного за то, что ты позволяешь хозяйке твоей Иезабели, называющей себя провозвестницею, учить и улавливать моих слуг, и проституироваться, и вкушать посвящённое изображениям». Слово Иезабель (жена библейского царя Ахава) применялось Иоанном в аллегорическом смысле к государственной церкви и в других его пророчествах, кроме Апокалипсиса, но они были произнесены уже после этого суда.

3) В том, что воскликнул раз во время церковной службы: «я схожу с ума от любви!»  

4) В том, что оригенитов считал за своих, а тех, которые сообщались с государственной церковью, не лечил в темнице.

5) В том, что принимал язычников, которые дурно обращались с христианами, давал им защиту в церкви и молился за них,

и наконец,

6) В похищении какого‑то церковного имущества.

Этот таинственный последний пункт особенно интересен с нашей точки зрения. О том, чтобы Иоанн похитил что‑либо из материальных богатств, конечно, не могло быть и речи у его хитрых врагов, не желавших, вместо обвинения Иоанна, подвергнуться самим взрыву народного и общественного негодования. Всем была известна простота его жизни, одежды и всей материальной обстановки, которой он так резко отличался от своих предшественников. Все знали и то, что он роздал бедным и нуждающимся своё большое наследство, да и теперь отличался благотворительностью, средства для которой доставляла ему Олимпиада, предоставившая в его распоряжение все доходы со своих огромных имений около Константинополя.

Значит, обвинение, взведённое на Иоанна, могло относиться только к его единственным и всем известным богатствам, дававшим ему такое обаяние в публике, к его литературным произведениям, которые старались представить похищенными в виде каких‑либо древних манускриптов, ещё неизвестных публике, и выданных им за свои. Подобная инсинуация попадала в единственное уязвимое место Иоанна, так как она разрушала его огромный авторитет как великого писателя и оставляла его, так сказать, нагим и беззащитным в руках его врагов. Всякое материальное обвинение было бы прощено ему народом ради его вдохновенных работ, да никто и не поверил бы его обвинению в обычном   корыстолюбии.

Если сопоставить этот пункт обвинения с тем фактом, что принадлежащее ему «Откровение в грозе и буре» приписывалось с начала средних веков другому лицу, то невольно приходит в голову мысль, что его оклеветали на этом соборе именно в том, будто во время своего бегства в 381 году из горного монастыря близ Антиохии он унёс оттуда находившиеся там древние рукописи, принадлежавшие любимому ученику Христа, Иоанну, и выдал их затем за свои.