Но что же делал император, находившийся внутри храма со всей своей свитой, и слышавший оттуда, как его супруга «вопит» по другую сторону дверей? Византийские историки говорят, что он «молчал, как будто ничего не ведал», и это очень правдоподобно. Слабохарактерный и суеверный Аркадий боялся, как огня, и грозного пророка, и своей собственной супруги, которая, несмотря на свою молодость, держала его в ежовых рукавицах и задавала ему сильные головомойки за каждое непослушание. В этот ужасный для него момент столкновения двух его властей он, вероятно, желал лишь одного: убежать куда‑нибудь в пустыню и скрыться там навеки, чтобы никогда не попадаться больше на глаза ни пророку, ни супруге.

Но ему не было суждено этого. Простояв в трепете до конца службы, он должен был возвратиться домой. Что там сделала с ним императрица, как она встретила его и как оправдывался он перед ней в своём поведении, – пусть это опишет какой‑нибудь талантливый романист. Но результат этой семейной сцены был очень печален для Иоанна.

Император разослал ко всем епископам византийской церкви грамоты для созыва нового вселенского собора, чтобы судить Иоанна, и после этого ни разу не входил к нему в базилику.

И вот поехали опять в Константинополь все прежние епископы, кроме умершего Епифания и кроме Теофила, который в этот раз благоразумно воздержался и послал вместо себя и полного собрания своих епископов только трёх из последних.

Все ожидаемые члены собора успели съехаться в Константинополь очень скоро после рождественских праздников, т. е. в начале 404 года. Главными врагами Иоанна оказались теперь Леонтий, епископ анкирский, и известные нам по прежнему собору Акакий, Антиох и Севериан. А со стороны защитников Иоанна выдавался, говорят, престарелый Элпидий, епископ Лаодикии, т. е. того самого города, который Иоанн в «Откровении» считала одним из своих, но упрекал его за то, что он «ни холоден, ни горяч, а тёпл».

Произошли сильные прения между врагами и сторонниками Иоанна на этом соборе. Но Иоанн объявил и его некомпетентным для себя и отказался придти для объяснений, вероятно, под тем предлогом, что большинство его членов состоят на содержании у государства.

После нескольких бурных совещаний нового собора (на который, заметим, тоже не явились представители западной церкви) была вынесена резолюция. Она не налагала на Иоанна никакой новой вины, только признали большинством голосов, что первый собор над ним был настолько же правилен, как и все предыдущие вселенские соборы, и потому, как говорят, ему задали только один вопрос:

«Каким образом он, будучи низвержен, дерзнул снова взойти на кафедру раньше другого собора, который снял бы с него отлучение?»

Иоанн же, по словам историков, ответил им:

«Я не был на том суде, не объяснялся с моими соперниками, не видел обвинений, взведённых на меня, и не получал приговора. Цари меня изгнали и те же цари снова возвратили».

Но собор не принял во внимание этого ответа Иоанна, и предал его анафеме, а Иоанн по‑прежнему не обратил никакого внимания на своё отлучение и даже на постановление вместо себя в константинопольские епископы Арзаса. Он продолжал проповедывать и управлять своим патриархатом во главе оставшихся у него сорока или около того епископов, называвшихся иоаннитами  , в отличие от «низвергнутых» ещё до сих пор оригенитов. Почти все жители столицы остались верными ему и теперь. В те храмы, в которых проповдывали его соперники, никто не хотел идти из частной публики.