В других местах происходило то же самое. При временном объединении всех христианских фракций под знаменем нейтрального иоаннитства во время недолгого пребывания Иоанна во главе восточной церкви он назначил, между прочим, епископом над готами Улинаса, и они признали этого епископа, несмотря на своё арианство. Теперь же, после смерти Улинаса, происшедшей во время ссылки Иоанна, готы снова возвратились к арианству, и история застаёт их такими даже в средние века.

Все слабые, малодушные и корыстные сторонники, примкнувшие к Иоанну во время его величия, теперь перебежали, как всегда, к господствующей фракции. В главном из семи городов, куда он адресовал девять лет тому назад своё знаменитое «Откровение», в Эфесе, шли гонения на его единомышленников и на их епископа Гераклида. Другой из его сторонников, епископ Меруфас, сочувствовавший ему некоторое время даже и в изгнании, передался на сторону врагов и объявил себя «николаитом», как только вышел специальный императорский указ, лишавший кафедр всех тех епископов, которые не хотели сообщаться с ортодоксальными епископами‑патриархами: Арзасом в Константинополе, Теофилом в Александрии и Порфирием в Антиохи.

В этих тяжёлых обстоятельствах, когда Иоанну ничего не оставалось делать, как сидеть дома в своём изгнании и читать книгу Иова о безропотном терпении, он и сам, по‑видимому, потерял свою детскую веру в скорое пришествие Егошуа‑Христа и водворение вместе с ним на Земле всеобщего равенства и братства среди бессмертных праведников, живущих на республиканских началах древней Греции.

Безнаказанное и несправедливое низвержение и ссылка в Кукус должны были показать ему, что и землетрясение после его первого изгнания могло быть случайным явлением, а не непосредственным вмешательством бога на защиту своего пророка.

Не этому ли настроению следует приписать и то, что, жестоко преследуемый восточной церковью, он обращался теперь за защитой уже не к одному богу, как делал раньше, а также и к неучаствовавшей в гонениях на него и на оригенитов западной церкви? Он просил, как говорят, папу Иннокентия вступиться за себя и своих приверженцев в восточной империи. В этом обращении с его стороны не было тогда никакого внутреннего противоречия его религиозным убеждениям. Западная церковь не отрицала в то время оригенитов и не одобряла гонения их на Востоке. Она не была, как восточная при императорах Феодосии и Аркадии, «николаитской» и даже не признавала чудотворца Николая за своего святого. Кроме того, вполне возможно, что именно в это самое время, под непосредственным впечатлением выхода «Откровения», западная церковь перестала подносить своей пастве «золотую чашу», о николаитском обращении с которой так непочтительно отзывался Иоанн в Апокалипсисе, хотя самый факт отмены мог быть официально зарегистрирован и значительно позднее. Западная церковь не признавала над собой власти византийского императора, так как после смерти Феодосия, в самый год выхода «Откровения», Византйско‑Римская империя окончательно распалась на две независимые части. Кроме того, духовные властелины западной церкви – папы – никогда не становились в такие рабские отношения к императорской власти, как это было на Восток и особенно возмущало Иоанна.