Однако инсинуации Севериана не принесли ещё Иоанну особенного вреда. Архидиакон Серапион указал ему, при его возвращении из Малой Азии, тайного врага, и Севериан был на время удалён из столицы.

Буря, которая должна была низвергнуть Иоанна, поднималась на него после его поездки в Малую Азию отовсюду, но первый её удар упал не на него, а на его сторонников‑оригенитов в Египте, и нанёс этот удар ни кто иной, как его старинный враг, Теофил, епископ александрийский. Это был тот самый епископ, который сжёг в 389 году в Александрии целый городской квартал, где находился знаменитый храм Сераписа, служивший александрийским университетом и заключавший в себе много памятников древности и научных сокровищ, а также и знаменитую александрийскую библиотеку, где находилось в это время до 42 000 свитков папируса, из которых жрецам, застигнутым врасплох пожаром, удалось спасти очень немногие.

В период паники 398–399 года и Теофил, как все остальные, обратился в иоаннита и даже, как мы уже знаем, собственноручно рукоположил Иоанна константинопольским верховным епископом, как старейший из всех епископов, приехавших 26 февраля 398 года Константинополь для Иоанна, не желавшего быть ставленником императора и потому требовавшего собора.

Но теперь Теофил сразу встал во главе врагов Иоанна тотчас после того, как выяснилась неудача пророчества, т. е. ещё в конце 401 года или в самом начале 402, принялся интриговать против пророка. Это, конечно, сразу оттолкнуло от него всех искренних иоаннитов, первыми из которых и были оригениты. Между ними в то время особенно выдавались в Александрии четыре брата: Диоскор, Аммоний, Евсевий и Евфимий, прозванные длинными братьями  , потому что, по выражению Созомена, «не малы были телом».

В период возвеличения Иоанна за ним ухаживали не только александрийцы, но и сам Теофил. Старшего из них, Диоскора, он назначил «против воли» епископом гермопольским, а остальных упросил «остаться с собою и принудил принять от себя места пресвитеров». Так продолжалось до 401 года, когда, после неудачи пророчества, Теофил вдруг объявил себя врагом оригенитства. Длинные братья не захотели более жить у него в пресвитерах. Они ушли в Нитрийскую пустыню в Египте, куда в эти тревожные годы уже сбежались спасаться в отшельнических подвигах перед концом мира несколько тысяч человек.

Теофил приказал подчинённым себе епископам разогнать их всех из гор и пустынь, как вредных еретиков. Это сейчас же и было выполнено его усердными и ободрившимися теперь помощниками.

Изгнанники‑нитрийцы сошлись в Александрии, и некоторые из них пошли к Теофилу объясняться, так как оригениты в это время ещё не были отлучены никаким собором. Но Теофил, «воззрев на них», по выражению «Миней», «налитыми кровью глазами, и, хриплый от ярости, устремился на них, как одержимый бесом». Закинув за шею Аммония свой омофор (т. е. длинный кусок полотна вроде полотенца, сшитого петлёй, какие и до сих пор носят православные епископы), он избил его до крови своими руками, крича: «еретик, прокляни Оригена!» Так же избил и окровавил он и прочих депутатов и выгнал всех «с бесчестием».