Избитые отшельники не отреклись от Оригена. Они ушли обратно, в свои хижины на Нитрийскую гору. А Теофил созвал в Александрии, в конце 401 или в начале 402 г., собор своих епископов и предал анафеме всех четырёх братьев и всех их сожителей в Нитрии, как оригенитов и чернокнижников, подыскав каких‑то свидетелей, видавших их, может быть, погружёнными в астрологические занятия по ночам. Вместе с ними был проклят и ещё один священник, старец Исидор, которого Теофил обвинил в каком‑то «противоестественном грехе».

Получив постановление собора, Теофил немедленно отправился с ним к городскому епарху (т. е. военному и гражданскому начальнику). Взяв у него пятьсот воинов, он пошёл с ними в ту область Египта, где была Нитрийская гора. Экспедиция нарочно была устроена таким образом, чтобы нахлынуть на убежища оригенитов ночью, невзначай. Войска бросились со всех сторон на гору и начали разбивать двери пещер и хижин. Под предлогом искания запрещённых книг они разграбили всё имущество пустынников, перебили большинство из них и затем предали огню их жилища.

Всё это произошло 10 июля 402 года. Все, кто мог, разбежались в темноте по окрестностям вместе с четырьмя «долгими братьями», скрывшимися в овраге, и Исидором, приютившимся тоже на Нитрийской горе после своего изгнания из Александрии. Сначала беглецы бросились в соседний Иерусалимский патриархат. Но верховный епископ этой области Силуан, который в период паники тоже объявил себя оригенитом и иоаннитом, принял их теперь как еретиков, и они ушли далее искать защиты у самого Иоанна. Иоанн их успокоил, поместил у себя при церкви Анастасии в Константинополе, а Теофилу написал письмо, в котором уговаривал снять с них отлучение, так как они «правильно говорили о боге».

В ответ на это он получил от Теофила письмо, угрожающее ему самому. Беглецы‑оригениты содержались всё это время Иоанном на средства одной богатой молодой женщины, известной константинопольской великосветской красавицы Олимпиады, рано потерявшей своего мужа и отдавшей Иоанну всё своё имущество на помощь бедным и устройство приютов для больных и странников. Она всё время была в величайшей дружбе с Иоанном и служила диакониссой при одной из его лучших базилик. Эта их интимная дружба и послужила для его врагов предлогом обвинять Иоанна, между прочим, и в немонашеском образе жизни.

Изгнанные оригениты, видя безуспешность ходатайства Иоанна, подали в 402 г. жалобу императору на Теофила, и потребовали светского суда над ним, в противность увещаниям Иоанна, не допускавшего никаких просьб к императорской власти по религиозным вопросам.

В результате вышла новая беда для пророка. Теофил списался с тщеславным кипрским епископом, св.Епифанием, который тоже превратился после окончательного фиаско пророчества (т. е. в 401 году) в ожесточённого врага Иоанна и оригенитов. К Теофилу присоединился и блаженный Иероним, соперник Иоанна с тех пор, как оба были одновременно в Антиохии в двух враждующих христианских партиях. И вот, под удобным предлогом разбирательства дела Теофила, многочисленные теперь враги Иоанна начали организовать в Константинополе новый вселенский собор для неожиданного суда над самим Иоанном и оригенитами.